2006年底，国务院出台《煤炭工业可持续发展政策措施》，并首先在山西试点，将从用户方收取的能源基金转化为可持续发展基金，并取消了其余两项规费。在山西省开采和收购原煤的单位和个人均是可持续发展基金的征收对象。
　　此后，能源可持续发展基金的征收方式出现了较大变化，征收者由煤炭运销公司变为税务部门，并按煤矿产量和回采率直接向煤矿征收。
　　2008年，山西省征收煤炭可持续发展基金166亿元，这已成为地方政府的一个重要收入来源。“山西省今年增加了很多支农的项目，资金来源都是可持续发展基金。”山西省农业厅一位人士告诉记者。
　　然而，在可持续发展基金征收后，山西煤运系统并未消亡。或许是生存的需要，它们在可持续发展基金外又发明出了名目繁多的收费项目 。山西省煤炭生产企业每生产一吨煤，除向税务部门缴纳20元左右的能源可持续发展基金，还要向煤炭运销公司缴纳统配矿管理费、地方煤矿维简费、中小学危房改造资金、林业建设基金等。每个县市的收费项目都有所不同。
　　2007年8月，山西省物价局出台《关于整顿和规范全省煤炭运销系统收费的通知》（下称《通知》），要求取缔山西全省煤运公司的乱收费项目，但同时仍保留了几项收费，用于山西煤运系统的改制重组。即允许煤运公司对铁路运输和公路外运的煤炭收取每吨煤炭价格2.5%的运销服务费；通过公路运输的，地方煤运公司向煤矿收取1.5%的管理费；通过火车运输的，向煤矿收取4%的代销费（3%的管理费和1%的损耗费）。不过，《通知》明确煤运系统的收费须在2009年8月取消。
　　现在，2009年8月的“大限”将至。在业内人士看来，山西煤运系统的“费改税”改革能否成功，关键在于山西如何处置煤炭运销公司这一“历史遗产”，以及中央与地方是否能就相关税费具体征收方案达成一致。

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